土壤真菌是指生活在土壤中菌體多呈分枝絲狀菌絲體，少數菌絲不發達或缺乏菌絲的具真正細胞核的一類微生物。

       真菌適宜酸性（真菌對酸度的適應范圍較寬，在pH<4時，細菌和放線菌不能生長的情況下，真菌卻能生長）；好氣性微生物；化能有機營養型 。真菌屬異氧型微生物。土壤真菌的多少與土壤有機質含量密切相關。真菌是土壤中糖類、纖維類、果膠和木質素等含碳物質分解的積極參與者。 

土壤中分布較廣的有青霉屬、曲霉屬、木霉屬、鐮刀菌屬、毛霉屬和根霉屬。

       青霉屬——生長在腐爛的水果、蔬菜、肉類和各種潮濕的有機物上。青霉菌絲體生長在植物的表面或深入物體內部。它由多細胞分枝很多的菌絲組成，細胞壁薄，內含一個或多個胞核。青霉菌可使許多農副產品腐爛，也有少數種類可使人或動物致病。它能分泌一種抗生素叫青霉素即盤尼西林。盤尼西林青霉素對葡萄球菌、肺炎球菌、淋球菌、破傷風桿菌等有高度殺傷力。 

       曲霉屬——此屬在自然界分布極廣，是引起多種物質霉腐的主要微生物之一（如面包腐敗、煤生物分解及皮革變質等）。其中以黃曲霉具有很強毒性。綠色和黑色的具有很強的酶活性，在食品發酵中廣泛用于制醬、釀酒�，F代發酵工業中用于生產葡萄糖氧化酶、糖化酶和蛋白酶等酶制劑。其他菌株有：黃曲霉/煙曲霉/灰綠曲霉/構巢曲霉/寄生曲霉/土曲霉等。