土壤微生物是指生活在土壤中借用光學顯微鏡才能看到的微小生物。土壤是微生物的天然培養基。土壤微生物是地球地表下數量最巨大的生命形式。土壤微生物按形態學來分，主要包括原核微生物(古菌、細菌、放線菌、藍細菌、黏細菌)，真核微生物(真菌、藻類和原生動物)以及無細胞結構的分子生物（病毒）。

        土壤微生物分布廣、數量大、種類多(1kg土壤可含5億個細菌,100億個放線菌和近10億個真菌,5億個微小動物),是土壤生物中最活躍的部分。它們參與土壤有機質分解，腐殖質合成，養分轉化和推動土壤的發育和形成。

土壤微生物的特點是在土壤中數量高，繁殖快。微生物對分解有機質、合成腐殖質，在土壤總的代謝活性中起重要的作用。 

    》》大部分土壤微生物對作物生長發育是有益的，它們對土壤的形成發育、物質循環和肥力演變等有重大影響。

    》》土壤微生物可以形成土壤結構。作為土壤的活躍部分, 土壤微生物在自己的生活過程中，通過代謝活動的氧氣和二氧化碳的交換，以及分泌的有機酸等有助于土壤粒子形成大的團粒結構，最終形成土壤。

    》》土壤微生物最顯著的成效就是分解有機質， 比如，作物的殘根敗葉和施入土壤中的有機肥料等，只有經過土壤微生物的作用，才能腐爛分解，釋放出營養元素，供作物利用，并形成腐殖質，改善土壤的結構和耕性。

    》》土壤微生物還可以分解礦物質，土壤微生物的代謝產物能促進土壤中難溶性物質的溶解。例如，磷細菌能分解出磷礦石中的磷，鉀細菌能分解出鉀礦石中的鉀，以利作物吸收利用，提高土壤肥力。另外，尿素的分解利用也離不開土壤微生物。這些土壤微生物就好比土壤中的肥料加工廠，將土壤中的礦質肥料加工成作物可以吸收利用的形態。

    》》土壤微生物還有固氮作用，氮氣占空氣組成的4/5，但植物不能直接利用，某些微生物可借助其固氮作用將空氣中的氮氣轉化為植物能夠利用的固定態氮化物，有了這樣的土壤微生物，就相當于土壤有了自己的氮肥生產車間了。

    》》在植物根系周圍生活的土壤微生物還可以調節植物生長，植物共生的微生物，如根瘤菌、菌根和真菌等能為植物直接提供氮素、磷素和其他礦質元素的營養以及有機酸、氨基酸、維生素、生長素等各種有機營養，促進植物的生長。

    》》土壤中各種微生物之間有互惠互利的，也有相互敵對的。例如，土壤中存在一些抗生性微生物，他們能夠分泌抗生素，抑制病原微生物的繁殖，這樣就可以防治和減少土壤中的病原微生物對作物的危害。

    》》微生物還可以降解土壤中殘留的有機農藥、城市污物和工廠廢棄物等，把他們分解成低害甚至無害的物質，降低殘毒危害。

    》》當然，這些所有的功能都是由不同種群的微生物完成的，每一個功能的實現也需要有大量的微生物共同工作才行。目前，科學家們對于土壤微生物的認識、了解和利用還都很有限，大多數土壤微生物未知種群蘊藏著無法估量的資源。

    》》沒有微生物就沒有肥沃的土壤，土壤微生物是土壤生物肥力的核心。如果土里沒有礦物質，微生物通過分解有機質能夠釋放礦物養料，如果土里沒有有機質，微生物可以合成有機質，但是，如果土壤里沒有微生物，那就沒有土壤！